Ipinanganak si Magellan sa [[Sabrosa]] (malapit sa [[Vila Real]], sa lalawigan ng [[Trás-dos-Montes]] sa hilagang Portugal) o sa [[Porto]]. Anak ng alkalde ng bayan, si Pedro Rui de Magalhães, at ni Alda de Mesquita, mayroon siyang dalawang kapatid: sina Diogo de Sousa, ipinangalan mula sa kanilang lola, at si Isabel.
Pumanaw ang mga magulang ni Magellan nang siya ay sampung taong gulang pa lamang. Sa edad na 12, naging pahe o ''page'' siya kay Haring [[João II ng Portugal|João II]] at Reyna Eleonora sa kanilang kaharian sa kabisera ng [[Lisboa]], kung saan naroon din ang kanyang kuya. doon din nya nakita si ENRIQUE ang taga-sumatra na gagamitin nyang interpreter sa balak nyang pagtuklas sa Maluku (moluccas, spice island).Kasama ang pinsang si Francisco Serrano, ipinagpatuloy ni Magellan ang pag-aaral at nakahiligan ang [[heograpiya]] at [[astronomiya]]. Tinataya ng ilan na maaaring naging guro niya si [[Martin Behaim]]. Noong [[1496]], naging eskudero o ''squire'' si Magellan.
Sa edad na 20, nagsimulang maglayag si Magellan. Noong [[1505]] ay inatasan siyang magtungo sa [[Indiya]] upang hirangin si [[Francisco de Almeida]] bilang birrey o ''viceroy'' at magtatag ng mga base militar at pangdagat doon. Dito siya unang napasabak sa isang labanan: nang ang isang lokal na hari roon ay tumangging magbayad ng tributo, lumaban sina Almeida at tuluyang nasakop ang [[Islam|Muslim]] na lunsod ng [[Kilwa]] sa lupaing ngayon ay [[Tanzania]]. Si Magellan ang siyang namuno ng unang ekspidisyon upang patunayan na ang mundo ay bilog sa pamamagitan ng paglalakbay mula kanluran patunging silangan
