# Sa kasaysayan nito nababalutan ito ng malawak na kagubatan na kasalukuyang mabilis na lumiliit dahil sa pagtotroso para pangangailangan ng industriya ng plywood ng Malaysia at ng mga kompanyang multinasyonal katulad ng Mitsubishi. Kalahati ng trosong tropikal sa buong mundo ay galing sa Borneo. Gayundin, ang taniman ng niyog para sa langis nito ay mabilis ng sumasaklaw sa mga natitirang matandang kagubatan. Lubhang nasira ang kagubatan nito dahil sa malaking sunog noon 1997 hanggang 1998 na sinimulan ng mga tao na natapat sa malubhang tagtuyot dulot ng [[El Niño]]. Noong may malaking sunog rito, makikita ang mga hotspots (maiinit na lugar) nito sa mga retrato ng satellite a {| class="wikitable" ! ! ! ! |- | | | | |- | | | | |- | | | | |} tat nagdulot ito ng matinding usok na nakaapekto sa Brunei, Malaysia, Indonesia at Singapore. Ang natitirang kagubatan ng Borneo ang kaisa-isang tahanang likas ng mga uranggutang ng Borneo. Napakahalanggang kanlungan ito ng mga katutubong hayop at halaman ng kagubatan at ng mga elepanteng asyano, rinoserong sumantran at ng ulaping leopardo.
[[File:Borneo logging 1926b.jpg|left|thumb|pagtotroso sa Borneo]]
[[Talaksan:Dawn in Borneo.jpg|thumb|left|Madaling Araw sa Borneo]]
Upang mapigilan ang mabilis ng pagdami ng tao sa Java, nagsimula ang pamahalaan ng Indonesia ng malakihang palilipat ng mga mahirap ng magsasaka sa Borneo na tinatawag na transmigrasi upang magsaka ng mga nakalbong lugar mula sa pagtotroso na hindi magandang pagsakahan dahil salat sa katabaan ng putulin ang mga puno at sa pagkawala ng magandang lupang mapagtatamnan na tinangay ng tubig ulan.
