[[Talaksan:Spanish Galleon.jpg|upright=1.00|thumb|Guhit ng isang [[Galeon ng Maynila|galyon ng Maynila]] na ginamit sa gitna ng [[Kalakalang Galeon|Kalakalang Maynila-Acapulco]].]]
Sinakop at inangkin ng mga Kastila, sa pamumuno ni [[Miguel López de Legazpi]], ang mga pulo noong ika-16 na dantaon at pinangalanan itong "Las Islas Filipinas" naayon isinunodsa kayngalan ni Haring [[Felipe II ng Espanya|Felipe II]]. Kaagad na ipinakilala at ipinalaganap ang [[Simbahang Katoliko|Katolisismo]] sa pamamagitan ng mga tagakalat ng pananampalataya, at pati na rin ang mga Batas ng Indias (''Laws of the Indies'') at iba pang alituntuning pampatupad. Matigas na pagsuway ang itinugon ng mga pangkat katutubo sa kabundukan pati na rin ng mga mapanlabang Muslim na nagpapatuloy hanggang sa ngayon. Kabi-kabilang mga himagsikan at karahasan ang lumaganap sa mga baybayin sa kabuuan ng tatlong dantaong pananakop, bunga na rin ng pagsasamantala at kakulangan ng pagbabago. Pinamahalaan mula sa [[Nueva España|Bireynato ng Nueva España]] (Bagong Espanya sa ngayon ay [[Mehiko]]) ang bagong nasasakupan at nagsimula ang kalakalan sa [[Galyon ng Maynila]] sa pagitan ng Acapulco at Maynila noong ika-18 dantaon.
Itinatag ng pnongpunong panlalawigan [[José Basco y Vargas]] noong 1781 ang Sociedad Económica de los Amigos del País (Samahang Pangkalakalan ng mga Kaibigan ng Bayan) at ginawang hiwalay ang bansa mula sa Bagong Espanya.
Nagbukas ang pakikipagkalakalan ng bansa sa daigdig noong ika-19 na dantaon. Ang pag-angat ng mga masigasig at makabayang burges, binubuo ng mga nakapag-aral na mga katutubong Pilipino, mga Kastila at creole na ipinanganak sa Pilipinas, mga mestisong Espanyol at Tsino, silang mga ilustrado ang nagpahiwatig ng pagtatapos ng pananakop ng Kastila sa kapuluan. Naliwanagan sa [[José Rizal#Impact|Kilusang Propaganda]] na nagsiwalat sa kawalang-katarungan ng pamahalaang kolonyal, sama-samangsama silasilang sumigaw para sa kalayaan. dinakipDinakip, nilitis, binigyang-sala, hinatulan ng kamatayan at binaril si [[José Rizal]], ang pinakasikat na propagandista, noong 1896 sa Bagumbayan (Luneta ngayon) dahil sa mga gawaing umano ng pagpapabagsak ng pamahalaan. Naglaon at pumutok ang [[Himagsikang Pilipino]] na pinangunahan ng [[Katipunan]], isang lihim panghimagsikang lipunan na itinatag ni [[Andrés Bonifacio]] at napamunuan din ni [[Emilio Aguinaldo]]. Halos tagumpay na napatalsik ng himagsikan ang mga Kastila noong 1898.
=== Panahon ng mga Amerikano at ang Pananakop ng mga Hapon ===
