Noong 1894, sumali siya sa Katipunan o ang K.K.K., isang sikretong organisasyonlihim na pinamumunuansamahang pinamunuan ni [[Andres Bonifacio]], at dedikado itong organisasyonna upangnaglayong maitaboyitaboy ang manlulupig na Kastila at makamit ang kalayaankasarinlan ng Pilipinas sa pamamagitan ng dahas. Ginamit niya ang ''nom de guerre'' ("ngalang pandigmaan") na Magdalo, parapatungkol kay [[Maria Magdalena]]. Ang kaniyang sangay ng Katipunan na pinamumunuan ng pinsan niya naniyang si [[Baldomero Aguinaldo]] ay tinawag dingring Magdalo.
Nagsimula ang Rebolusyonhimagsikan sa bayan ng [[San Juan del Monte]] (siyangkasalukuyang lungsod ng [[San Juan]], [[Metro Manila|Kalakhang Maynila]]). Ngunit sa simula ay hindi sumali ang sangay ni Aguinaldo dahil sa kakulangan ng armaspananandata, na isa sa mga dahilan ng pagkatalo ni Bonifacio sa Pinaglabanan. Habang napilitan sina Bonifacio na gumamit ng gerilya para makilaban, nanalo sina Aguinaldo sa iba't ibang laban na nakapagtaboy ng mga Espanyol ng panandalian.
Noong 17 Pebrero 1897, natalo nina Aguinaldo at ilang Katipunero ang puwersa na pinamumunuan ni Gobernador-Heneral Camilo de Polavieja sa Labanan sa Tulay ng Zapote sa Cavite. Si Heneral Edilberto Evangelista, inhinyerong sibil, rebolusyonaryo, at tagatayo ng trintsera, ay namatay sa labanang ito. Ang probinsiya ng [[Cavite]] ay naging importanteng lokasyon ng Rebolusyon at dito rin nakanalo ang Magdalo ng marami laban sa Espanya.
