Ang kasaysayan ng [[mga Hudyo]] sa [[Maynila]] ay nagmula noong [[Ingkuwisisyong Kastila]] ng ika-16 dantaon, kung kailan marami sa mga Hudyo ng [[Ispanya]], na sapilitang bininyagan sa [[Kristiyanismo]] at patago na pinanatili ang kanilang buhay Hudyo, ay nabunyag at nilitis, nahatulan, at pinalayas sa Ispanya dahil sa kanilang erehiya o ''heresy''.<ref name=tiesthatbind>http://wwwfr.jpost.com/servlet/Satellite?cid=1176152769513&pagename=JPost%2FJPArticle%2FShowFull/JPArticle/ShowFull</ref> Kilala bilang mga ''Marano'' o "Bagong Kristiyano", sinamahan ng mga ''kripto-Hudyo''ng ito ang mga Kastilang kongkistador na nagmulang nanirahan sa mga daungan sa Malayong Silangan, kasama na ang Maynila. Dumating sa Pilipinas noong dekada 1590 ang dalawang "Bagong Kristiyanong" magkakapatid na sina Jorge at Domingo Rodríguez.<ref name=jta>http://www.jewishtimesasia.org/manila/269-manila-communities/576-philippines-jewish-community</ref> Pagka-1593 nalitis at nahatulan ang dalawa sa isang ''[[auto da fe]]'' sa [[Lungsod ng Mehiko]] dahil walang nagsasariling tribunal ang Ingkuwisisyon sa Pilipinas. Itinapon ng Ingkuwisisyon ang mga Rodríguez sa bilangguan ang hinatulan din ang walo o higit pang mga "Bagong Kristiyano" sa Pilipinas. Ito ang mapanganip na kalagayan ng mga Hudyo sa Pilipinas. Nanatiling maliit at di-organisado ang pamayanang Hudyo sa mga susunod na dantaon ng pamamahalang Kastila. Hindi pinayagan ng batas ng mga mananakop ang pagkakaroon ng isang organisadong pamayanang Hudyo.
Ang kauna-unahang permanenteng paninirahan ng mga Hudyo sa Pilipinas noong panahong Kastila ay nagmula sa pagdating nina Léopold Kahn at ng tatlong magkakapatid na Levy mula sa [[Alsace-Moselle|Alsace-Lorraine]],<ref name=jvl>http://www.jewishvirtuallibrary.org/jsource/vjw/philippines.html</ref> na tumakas mula sa kinalabasan ng [[Digmaang Prangko-Prusyano]] noong 1870.<ref name=jta /><ref name=tiesthatbind /><ref name=weissler>http://wwwfr.jpost.com/servlet/Satellite?apage=1&cid=1159193373795&pagename=JPost%2FJPArticle%2FShowFull/JPArticle/ShowFull</ref> Ipinangalanan ng magkapatid na Levy ang kanilang negosyo na ''Estrella del Norte'', na [[Wikang Kastila sa Pilipinas|Kastila]] para sa "bituin ng hilaga." Kasama sa kanilang mga negosyo ang pagbenta ng alahas, ''merchandising'', importasyon at eksportasyon ng mga [[hiyas]], [[gamot]], at, pagdating ng panahon, mga [[kotse]].<ref name=jta /> Nagbigay ang pagbukas ng [[Kanal Suez]] noong 1869 ng mas tuwirang rutang pangkalakalan sa pagitan ng [[Yuropa]] at ng [[Pilipinas]], at lumago ang mga negosyo sa [[kapuluan]] at pati na rin ang bilang ng mga Hudyo dito.<ref name=jta /> Sinamahan ang mga Levy ng mga [[Turkiya|Turko]], [[Sirya|Siryo]],<ref name=tiesthatbind /> at [[Ehipto|Ehipsiyong]] Hudyo, na naglikha ng isang halo-halong populasyong Hudyo ng mahigit-kumulang limampung indibidwal sa pagtapos ng panahong Kastila. Si A. N. Hashim, isang Siryong Hudyo, ang isa sa mga tumulong kay [[José Rizal]] na makaalis sa [[Dapitan]].<ref name=jta /> Noong natapos lamang ang panahong Kastila at sinakop ng mga [[Kasaysayan_ng_Pilipinas#Kolonya ng Estados Unidos|Amerikano]] ang kapuluan noong 1898 na pinayagan ang mga Hudyo na opisyal at bukas na manampalataya bilang mga Hudyo.
