Ano na ngayon angAng San Rafael ay isangisa besesna ngayon sa sitepinakamagandang nglugar ilangsa mga baryo ng [[Coast Miwok]] Baryo;'''Awani-Wi''', malapit sa downtown San Rafael,'''Ewu ang''', malapit sa [[Luwad Linda, San Rafael , California | Luwad Linda]], at'''Shotomko-cha''', sa [[Marinwood]] <ref>Peterson, Bonnie J. (1976). ''Dawn of the World: Coast Miwok Myths''. ISBN 0-912908-04-1</ref>
[[MissionAng Misyon San Rafael Arcángel]]Arcánge ay itinatag sa ano ngayon downtown San Rafael bilang ika-20 [[Espanya | Espanyol]] misyon sa ang kolonyal [[Mexico | Mexican]] lalawigan ng''[[Alta California]]'' sa pamamagitan ng apat na pari-AmaPari. Ang paring si [[Narciso Durán]] mula sa [[Mission San José (California) | Mission San José]], ang AmaParing si Abella mula sa [[Mission San Francisco de Asís]], AmaParing si [[Luis Gil y Taboada]] mula sa [[La Iglesia de Nuestra Señora Reina de los Angeles]] at AmaParing si [[Junípero Serra]], AmaAng Presidenteparing nglider angsa misyon-on Dec 14, 1817, apat na taon bago [[Mexico]] nagkamit pagsasarili mula sa [[Espanya] ]. Mission San Rafael Arcángel ay matatagpuan na lakad ng araw ng isang asno sa misyon sa ibaba nito. Ang misyon at ang lungsod ay pinangalanangipinangalan matapossa angAnghel [[arkanghel]]ng [[RaphaelPaglunas (arkanghel)na |si Raphael]],San ang Anghel ng paglunasRafael.
Ang Misyon ay orihinal na binalak bilang isang ospital site para sa [[Central Valley (California) | Central Valley]]para [[Amerikanosa Indiansmga Amerikanong Indiano sa Estados Unidos |( AmerikanoAmerican Indians]]) na magkasakitnagkasakit dahil sa angKlima ng Lugar na malamig [[San Francisco]] [[ Mission Dolores]]. AmaAng paring si Luis Gil, na nagkausap ilang katutubongkumausap Amerikano nasa mga wikakatutubong Amerikano , ay ilagay sa singil ng pasilidad. Sa bahagi dahil ng kanyang ideal na panahon, ang San Rafael ay mamaya-upgrade sa buong misyon ay bumago ang katayuan sa taon 1822. Ang misyon ay tumaas ng 300-convert sa loob ng unang taon, at 1140 convert sa pamamagitan ng 1828. Ang Mexican na pamahalaan ay kinuha sa ibabaw ng misyon California noong 1834, at [[Mission San Rafael]] inabanduna noong 1844, huli bumabagsak sa pagkawasak. Ang kasalukuyang misyon ay itinayo sa 1949 sa ang estilo ngestilong orihinal na, ngunit ang mga mukha sa kanan anggulo sa pagkakahanay ng orihinal.
Ang [[San Francisco at North Pacific Riles]] naabot sa San Rafael sa 1879 at ay naka-link hanay sa pambansang network ng tren sanoong 1888.
