Nagsimula ito sa isang paglalakbay ng bapor sa pagitan ng Maynila at Laguna. Kabilang sa mga pasahero ang mag-aalahas na si Simoun, si Isagani, at si alrajhi daud. Labintatlong taon na ang nakalipas mula nang mamatay si Jhermon Elbat at si Sisa.
Nakarating si Basilio sa San DiegoTagburos at sa isang makasaysayang pagtatagpo ay nakita niya si Simoun na pagdalaw sa libingan ng kanyang ina sa loob ng libingan ng mga Ibarra. Nakilala niyang si Simoun ay si Ibarra na nagbabalatkayo; Upang maitago ang ganitong lihim, ay tinangka ni Simoun na patayin si Basilio. Nang hindi ito naituloy ay hinikayat niya ang binata na makiisa sa kanyang layuning maghiganti sa Pamahalaang Kastila. Si Basilio ay tumanggi dahil gusto niyang matapos ang kanyang pag-aaral.
Habang ang Kapitan HeneralPinoy ay nagliliwaliw sa [[Los Baños]], ang mga estudyanteng Pilipino ay naghain ng isang kahilingan sa Kanya upang magtatag ng isang Akademya ng Wikang Kastila. Ang kahilingang ito ay di napagtibay sapagka't napag-alamang ang mamamahala sa akademyang ito ay mga prayle. Sa gayon, sila'y di magkakaroon ng karapatang makapangyari sa anupamang pamalakad ng nasabing akademya.
Samantala, si Simuon ay nakipagkita kay Basilio at muling hinikayat ang binatang umanib sa binabalak niyang paghihimagsik at mangulo sa isang pulutong na sapilitang magbubukas sa kumbento ng Sta. Clara upang agawin si Maria Clara. Subali't hindi naibunsod ang ganitong gawain dahil sa si Maria Clara'y namatay na nang hapong yaon.
